Universitas Mercu Buana Yogyakarta (UMB Yogya) yang dahulu berdiri dengan nama IPW (Institut Pertanian Wangsa Manggala) pada tahun 1984, yang kemudian berubah nama menjadi Universitas Wangsa Manggala (UNWAMA) di tahun 1986 dan berubah nama menjadi Universitas Mercu Buana Yogyakarta pada tahun 2008.

Nama Universitas Wangsa Manggala (UNWAMA) lahir pada tanggal 1 Oktober 1986 di bawah naungan Yayasan Wangsa Manggala. Pada saat didirikan UNWAMA memiliki 3 fakultas dengan 4 jurusan, sebagai rektor adalah Prof. Ir. Gembong Tjitrorosoepomo (alm) Guru Besar Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada (UGM). Sebagai seorang akademisi yang berpengalaman, beliau telah meletakkan landasan yang kuat bagi berkembangnya UNWAMA.

Memasuki usia 7 tahun (tahun 1993) di bawah kepemimpinan Rektor Prof. Dr. Soelistyo, MBA (Guru Besar Fakultas Ekonomi UGM) UNWAMA melakukan pengembangan dengan menambah fakultas dan program studi baru, yaitu membuka Fakultas Psikologi dan membuka Program Studi Manajemen dan Program Studi Akuntansi (keduanya di bawah Fakultas Ekonomi). Mulai tahun 1996 di bawah Rektor Prof. Dr. Ir. Mochamad Adnan, MSc Guru Besar Fakultas Teknologi Pertanian dan juga mantan Rektor Universitas Gadjah Mada.

Yayasan memandang perlu untuk mengganti nama UNWAMA menjadi Universitas Mercu Buana Yogyakarta (UMB Yogya) pada Mei 2008 (SK Yayayasan, dan SK DIKTI tanggal 12 Juni 2008). Melalui SK Yayasan Wangsa Manggala Nomor : 02/SKep/Ket/YWM/IV/2008 tertanggal 1 April 2008 secara resmi Universitas Wangsa Manggala (UNWAMA) beralih nama menjadi Universitas Mercu Buana Yogyakarta (UMBY). Secara Resmi pada tanggal 12 Juni 2008 disyahkan dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan nasional Republik Indonesia Nomer : 102 /D/O/2008 Tentang Perubahan Nama Universitas Wangsa Manggala Yogyakarta menjadi universitas Mercu Buana Yogyakarta yang diselenggarakan oleh Yayasan Wangsa Manggala Yogyakarta.

UMB Yogya yang telah mendapat kepercayaan masyarakat berbenah diri dengan menata kinerjanya menyongsong era global pada milenium ketiga. Untuk mengantisipasi pesatnya perkembangan IPTEK maka pada tahun 2008 mulai dibuka Program Studi baru seperti : Teknik Informatika, Sistem Informasi, Ilmu Komunikasi, Pendidikan Bahasa Inggris dan Matematika. Program Studi ini semakin melengkapi Program Studi yang sudah ada sebelumnya yaitu : S2 Psikologi, Psikologi, Manajemen, Akuntansi, Agroteknologi (Agronomi), Industri Peternakan dan Teknologi Hasil Pertanian.

Visi yang ingin dicapai adalah menjadi universitas yang memiliki komitmen untuk mewujudkan kemajuan dan kesejahteraan masyarakat sesuai dengan cita-cita yang tertanam dalam seboyan Angudi Mulyaning Bangsa (The Pursuit of Excellence). Memiliki keunggulan dalam bidang pendidikan dan penajaran, penelitian serta pengabdian kepada masyarakatbaik tingkat nasional maupun internasional. Sedangkan misi UMB Yogya adalah melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi untuk mencerdaskan bangsa sehingga membantu masyarakat untuk mewujudkan kesejahteraannya.